Основными видами деятельности учреждения является музейная деятельность и охрана, использование и популяризация объектов культурного наследия, расположенных на территории муниципального образования "Холмский городской округ". Основную часть фондов составляют естественнонаучные коллекции: рыб, беспозвоночных, птиц и млекопитающих. Часть фондов по краеведению это – предметы быта, орудия труда и охоты первых жителей - айнов, фотографии, печатные источники и т.д.